医科学専攻（修士課程）は、本学の医学研究科の理念に基づき、医学部医学科以外の修了生（学士）を対象に、自立した研究活動と医学?医療分野の高度に専門的な業務に従事するに必要な基礎となる豊かな学識を養い、「自主自学」の建学精神のもと、社会活動を通じて医学の発展、人類の福祉に貢献する人間性豊かな人材育成を目指す。

医学部医学科以外の学科卒業生（修士）が、本学の博士課程と連動した全学的協力体制のもと、自立した医学科研究活動あるいは高度な専門職に従事するに必要な基本となる医科学領域の知識と研究技能をバランスよく習得できるよう、医学?医療?福祉の発展に寄与する研究者?専門職の「土台作り」としての教育課程の提供を目指す。

薬学、工学、理学、農学などの医学部医学科以外の理科系学部の生命科学関連学科で学んできた学生に、それぞれの領域における知識を基盤として、医科学分野の新たな知識を統合的に習得させ、医学研究を実践することで、今後の多様な医学?医療関連の分野で活躍できる人材の育成を目指します。
研究面では、分子レベルから個体レベルで生理的生体機能とそれに関連した疾患の基本的な知識を習得させ、最先端の組織学、分子生物学、遺伝学などの生命科学技術を駆使して、基礎研究や応用研究を行う能力を養います。特に、基礎と臨床の交流を通して、トランスレーショナルリサーチに対応できる研究人材の育成を図ります。